八事の森のミッションスクール
善き伝統を受け継ぎつつ、新たな南山教育へ
八事の森に囲まれた静かで落ち着いた雰囲気の中に、南山男子部の学び舎はあります。穏やかで優しい生徒たちが、積極的に学校生活を送ることができるよう、様々な設備と施設があります。充実した環境の下、生徒たちは賢く、健やかに成長していきます。
図書館（東校舎）
南山男子部の知の拠点である図書館です。多くの生徒が読書や自習に活用しており、なかには教師の推薦図書を全て読破する生徒も。生徒のリクエストで購入された書籍もあり、全体の蔵書数は5万を超えます。
普通教室（東校舎・南校舎）
生徒たちが日常を伸びやかに過ごす普通教室です。窓からは陽光が降り注ぎ、廊下側もガラス張りのため、明るく開放的な雰囲気です。全教室に電子黒板が完備され、無線LANも整備されています。
PC教室（東校舎）
最新の設備を導入したPC教室です。情報の授業をはじめ、技術でのプログラミングの授業や音楽での作曲の授業などに使用しています。
理科室（南校舎）
南山男子部では実験の授業を重視しており、4つの理科室があります。多くの実験を通じて、実験観察を科学的に考えながら行うことによって問題点を突き止めていこうとする態度を養うことを目指します。
社会科教室2（東校舎）
社会科教室2はアクティブラーニングに対応した教室です。机はキャスター付で、用途に応じて配置を変えることが可能です。なお、社会科教室1は探究ゼミなど、教師と生徒の対話を重視した造りになっています。
英会話教室（東校舎）
英会話の授業は2つある英会話教室を活用し、1クラスを2つに分けて行います。少人数授業にすることで、積極的な発言をうながすためです。
大教室（東校舎）
200名を収容できる大教室です。進路の日や総合講座、中2職業体験や、中3福祉体験の事前講話など、多くの学校行事で使用します。
合同教室（北校舎）
200名を収容できる合同教室です。南山男子部は学校行事が多岐にわたり、学年全体で合同HRを行う機会が多いため、一学年200名を収容できる教室が複数設置されています。
自習室（南校舎）
個々で集中して勉強できる自習室です。隣接する過去問や問題集を備えた資料室とともに高校3年生が主に活用しています。職員室にも近く、疑問点をすぐに質問できる絶好の学習環境となっています。
議会室（南校舎）
ここで生徒会の議会は開かれます。参加する生徒に「自分たちが全校生徒を代表して参加しているんだ」という誇りと自覚をもってもらうため、赤じゅうたんで特別仕様にしています。南山男子部の特長である生徒の自主活動の拠点です。
調理室（北校舎）
南山男子部では、学校生活や家庭、そして将来社会において積極的に活用できる力を養うため、家庭科の授業を重視しています。調理実習は中2と高2で実施されますが、中2の実習は学期ごとに1度、和洋中様々な料理に挑戦します。
柔道場
南山男子部では、伝統的に、体育の格技は柔道です。柔道場は体育と柔道部の活動に使用され、場外の広さや天井高なども含めて、公式戦でも使用可能な規格となっています。
アリーナ
体育の授業や学校行事、部活動で使用します。上のキャットウォークから応援することができ、スポーツ大会や部活動の公式戦では白熱した応援がアリーナ中に響きわたります。
聖堂（北校舎）
祈りの場です。南山生としての自覚をもってもらうため、中学1年生の宗教の授業が行われます。また、生徒自治会の認証式も行われます。聖堂の厳かな空気のもと、生徒たちは選ばれたことに誇りをもちます。