南山学園の教育理念（教育モットー）
HOMINIS DIGNITATI人間の尊厳のために
キリスト教精神に基づく南山教育の根幹となる理念が「Hominis Dignitati/人間の尊厳のために」です。人間は神の似姿として造られ、一人ひとりが個人として平等であり、神から与えられたかけがえのない価値をもっています。この、人間はみな平等な個人として価値があるということが「人間の尊厳」であり、時代や場所を超えて人類すべてに共通する普遍的な価値でもあります。生徒たちはこれを本校で過ごす6年間を通じて会得していき、自分も他人も認め合い大切にする、優しく、賢く、自らの力で未来を切り拓いていく人間に成長していきます。
この教育理念（教育モットー）は、幼稚園から大学まで、南山学園の設置校共通のものとなっています。
校訓
高い人格広い教養強い責任感
キリスト教精神と教育理念に基づく教育活動の実現のため、南山男子部が掲げている校訓が「高い人格 広い教養 強い責任感」です。
「高い人格」とは、人を思いやり、互いに協力し合あえる人類愛を実践する資質のことです。そしてその人格を形作るために必要不可欠なのが「広い教養」です。教養とは単なる知識量ではなく、人間の尊厳が尊重された社会を作っていくために何が必要なのかを考え、会得していく「知性」のことです。そして「強い責任感」とは、自らの行動が正しい価値観に基づくものなのかを自己の良心に問いかけ、その行動に責任を持つということです。以上の三つの校訓を体現し、人間の尊厳のために行動できる人間を育んでいく、これが本校の教育目標です。